Uma enzima ramificada forma ligações α-1,6

A glicogênio sintase catalisa apenas a síntese de ligações α-1,4. Outra enzima é necessária para formar as ligações α-1,6 que tornam o glicogênio um polímero ramificado. A ramificação ocorre após vários resíduos de glicosil serem unidos em uma ligação α-1,4 pela glicogênio sintase. Um ramo é criado pela quebra de uma ligação α-1,4 e a formação de uma ligação α-1,6: esta reação é diferente da desramificação. Um bloco de resíduos, normalmente em número 7, é transferido para um local mais interno. A enzima ramificada que catalisa essa reação é bastante exigente. O bloco de aproximadamente 7 resíduos deve incluir o termo não redutor e vir de uma cadeia de pelo menos 11 resíduos de comprimento. Além disso, o novo ponto de ramificação deve ter pelo menos 4 resíduos de um preexistente.

A ramificação é importante porque aumenta a solubilidade do glicogênio. Além disso, a ramificação cria um grande número de resíduos terminais, os locais de ação do glicogênio fosforilase e sintase. Portanto, a ramificação aumenta a taxa de síntese e degradação do glicogênio.

A ramificação do glicogênio requer uma única atividade de transferase. A desramificação do glicogênio requer duas atividades enzimáticas: uma transferase e uma α-1,6 glicosidase. A análise de sequência sugere que as duas transferases e, talvez, α-1,6 glucosidase são membros da mesma família de enzimas, denominada família α-amilase. A referida enzima catalisa uma reação formando um intermediário covalente ligado a um resíduo de aspartato conservado. Portanto, a enzima ramificada parece funcionar por meio da transferência de uma cadeia de moléculas de glicose de uma ligação α-1,4 para um resíduo de aspartato na enzima e, em seguida, deste local para um local mais dentro da molécula de glicogênio para formar uma ligação α -1.6.